浙江大学档案馆成立于1989年1月，正处级建制，为学校直属机构。浙江大学档案馆是学校档案工作职能管理部门，是长久保存和提供利用本校档案信息资源的科学文化事业机构，也是学校可移动文物、陈列品等国有资产归口管理单位，负责对学校各类档案进行收集、保管、利用及信息化工作，开展校史档案研究、编撰和展览，做好各类校史馆日常管理工作。现馆内设有收集指导办公室、保管利用办公室、特种档案办公室、信息开发办公室、编研展览办公室、校史研究室和综合办公室。全馆定编数为23人。
档案馆馆舍位于西溪校区艺术楼C座4至8楼，于2003年6月启用。馆区建筑面积3300平方米，其中库房1600平方米。基础设施完备，配备了密集架、防磁柜、底图柜、空调器、去湿机、复印机、数码相机、扫描仪、光刻机、计算机、服务器等现代化装具和设备。并配备有防火、防盗自动报警系统，由保安人员实时监控馆区出入口。
馆藏档案始于1911年。截止2023年底，馆藏8个全宗，即浙江大学、杭州大学、浙江农业大学、浙江医科大学、之江大学、国立英士大学、杭州工学院、浙江省农村经济管理干部学院。档案计234520卷,987731件，数档系统案卷级目录23.56万条、文件级目录618.9万条；馆藏总容量达到80T。馆藏档案反映了学校百余年来创建、变迁、发展的真实历史，珍品泛举：周恩来、刘少奇、陈云、江泽民、李鹏、李岚清等党和国家领导人照片、题词； 3000转／分双水内冷发电机、马丁一侯状态方程的发展和应用、全集成新一代工业自动化系统、新一代控制系统高性能现场总线--EPA等134项国家级重大科技成果奖状与材料；夏衍、都锦生、胡乔木、李政道、谷超豪、潘家铮等历届学生的学籍档案，1931年浙江大学土字第一号毕业证书，竺可桢文稿簿原稿，陈鸿逵1934年在美博士论文原稿，王淦昌“两弹一星”功勋奖章，路甬祥与李政道、吴健雄等来往信件，苏步青、贝时璋、王淦昌、谈家桢就“四校合并”给江泽民的签名信；马寅初、苏步青、王淦昌、贝时璋、谈家桢、顾毓琇、赵朴初、刘海粟、常书鸿、启功、沙孟海、陆抑非、马一浮、马世晓、陈从周等名家的书画作品；浙大各个历史时期校徽、纪念章，中华人民共和国成立五十周年纪念册《见证辉煌》（编号1897）；陈香梅女士1万余件中文史料及照片；浙江高等学堂（浙江大学前身）监督孙智敏手迹；蒋百里《国防论》手稿；李岚清书法作品和篆刻印章；路甬祥的照片、证书聘书及资料等1万余件；谈家桢、陈子元、鲍亦兴、李浩培、周有光、李辅燿、舒鸿、严文兴等名人手稿、实物、档案史料；沈德绪教授个人档案等；馆藏《竺可桢日记》手稿入选第五批中国档案文献遗产名录。
近年来，档案馆努力推进数字档案馆建设，建立和开放档案网上查询系统，在全校范围内全面实施电子文件远程归档；先后推出《浙江大学校史展》、《西迁历史展》、《竺可桢纪念馆》、《俊彩星驰》、《放飞梦想：奥运精神与浙大体育》、《百年建筑展》、《馆藏精品书画展》、《浙大音乐生活图片展》、《档案图片展》、《姜亮夫纪念馆》、《档案史料捐赠展》、《求是楷模 科学泰斗——王淦昌先生生平事迹展》、《诗书浙大——林乾良校友捐赠书画展》、《千年国粹一代儒宗——国学大师马一浮书法展》、《永远的校长——竺可桢逝世四十周年纪念图片展》、《浙江大学历史文物建筑图片展》、《浙江大学—成功大学交流15周年展》、《抗战时期的国立浙江大学》、《“精神世界的拾荒者”的韦思浩老人事迹展》、《“老书的故事——向先辈致敬”》、《不畏浮云遮望眼——丰子恺的浙大缘与温州情》等专题展览，编辑《珍品浙大》、《岁月的记忆——浙江大学湖滨校区60春秋掠影》画册以及《浙江大学并校10年事志；创编《浙江大学馆藏档案》、《浙江大学校史研究》等刊物，编辑并出版《图说浙大—浙江大学校史简本》、《浙江大学图史》、《抗战文军》、《宜山画报》、《陈香梅画传》、《马世晓遗作捐赠作品展》、《孤神独逸:丁敬涵马一浮先生书法集》，组织编写《马一浮交往录》、《李辅燿日记》（影印本）等，并负责浙江大学校史馆、竺可桢纪念馆的管理和开放。
档案馆现任馆长王东，副馆长赵朝霞、蓝蕾。